Polievanie je jednou z hlavných úloh pri pestovaní bonsajov. Polievanie sa zdá byť jednoduché, ale nie je ľahké ho poliať správne. Polievanie by sa malo vykonávať podľa druhu rastliny, sezónnych zmien, obdobia rastu, obdobia kvitnutia, obdobia vegetačného pokoja a poveternostných podmienok rastliny. Zvládnutie času a množstva zálievky je pre rast rastlín veľmi dôležité. Úhyn niektorých bonsajov priamo súvisí s nesprávnym zalievaním.

Okrem toho, že zemina v kvetináčoch dodáva rastlinám vodu a živiny, udržiava rastliny aj normálne dýchanie vzduchu. Keď má zemina v kvetináči dostatok vlhkosti, častice pôdy sa rozpínajú a vytláčajú vzduch z medzier medzi časticami, čo spôsobuje nedostatok vzduchu v zemine; keď je zemina v kvetináči suchá alebo relatívne suchá, častice pôdy sa zmenšujú, ich objem sa zmenšuje a medzery medzi časticami sa opäť objavia. Medzery sa vyplnia vzduchom.

Ako sa pôda mení medzi suchou a vlhkou, vzduch v zemine v kvetináči tiež neustále cirkuluje, čo umožňuje koreňom rastlín normálne dýchať. Po každom zaliatí sú korene rastliny schopné v krátkom čase tolerovať nedostatok kyslíka v zemine v kvetináči. Ak je však zemina v kvetináči dlhodobo príliš mokrá, čo vedie k dlhodobému nedostatku kyslíka, čo spôsobí eróziu koreňov a iné choroby. Ak je pôda dlhodobo suchá, aj keď je v zemine dostatok kyslíka, rastliny nedokážu dlhodobo absorbovať vodu, čo je tiež škodlivé pre rast rastlín a môže dokonca spôsobiť ich odumretie. Preto by sa pri zalievaní bonsajov malo dodržiavať pravidlo „nezalievajte ich, keď sú suché, zalejte ich dôkladne“.

Nedostatočná závlaha a dehydratácia rastlín spôsobí vädnutie a ovisnutie vetvičiek a vädnutie, žltnutie a opadávanie listov. V prípade ihličnatých druhov ihličie zmäkne a stratí svoj pevný a pichľavý pocit. Pri silnom nedostatku vody sa kôra vetvičiek zmenšuje ako husia koža. Ak sa s touto situáciou stretnete v lete, mali by ste rastlinu okamžite premiestniť na tienisté miesto. Po poklese teploty najskôr postriekajte listy vodou, potom nalejte trochu vody do kvetináča a po hodine dôkladne zalejte.

Pri silne dehydrovaných rastlinách nezalievajte dostatočne naraz, pretože pri silne dehydratovanej rastline sa koreňová kôra zmenší a nachádza sa blízko xylému. Ak sa náhle pridá veľké množstvo vody, koreňový systém sa v dôsledku rýchlej absorpcie vody rozšíri, čo spôsobí prasknutie kôry a následnú smrť rastliny, takže je potrebný postupný adaptačný proces. Po ošetrení rastlín, ktoré majú vážny nedostatok vody, je najlepšie ich niekoľko dní nechať v tienistej prístrešku a potom, keď zosilnejú, ich pestovať na slnku. Neprelievajte ich však. Okrem toho, že nadmerné zalievanie spôsobuje prudký rast rastlín, čo ovplyvňuje tvar stromu a jeho okrasnú hodnotu, môže tiež ľahko spôsobiť hnilobu a smrť koreňov. Miniatúrne kvetináče na bonsaje vyžadujú menej pôdy, preto je obzvlášť dôležité zalievať ich v správnom čase a v správnom množstve.